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○ 해당 예규 : 서면-2024-법인-3272, 2024.11.27.

○ 사실관계

   ㅇ 쟁점법인은 부동산 현물출자를 통해 2018년 1월 설립된 부동산 임대업을 영위하는 법인으로 현물출자 시 「조세특례제한법」 제32조에 따라 양도소득세에 대한 이월과세 신청을 함

  ㅇ 쟁점법인 설립일로부터 5년이 지난 시점에 당초 현물출자 받은 부동산을 의료법인에게 부담부증여할 예정임

○ 질의내용

   현물출자에 대한 양도소득세 이월과세가 적용된 부동산을 법인설립 5년 이후 의료법인에 출연하는 경우 법인에게 이월과세된 양도소득세의 납부의무가 있는지가 문제된 사안

○ 회신내용

   「조세특례제한법」 제32조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용받은 사업용 고정자산을 양수한 법인이 법인설립일로부터 5년 이후 그 사업용 고정자산을 비영리법인에 출연하는 경우에는 개인이 해당 사업용 고정자산을 그 법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것이다

○ 관련규정

  (1) 「조세특례제한법」 제32조 규정

     ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.

    ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

     1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

     2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

  (2) 「조세특례제한법 시행령」 제29조

    ④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

    ⑥ 법 제32조제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 “전환법인”이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조제5항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

2. 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

3. 삭제 <2018. 2. 13.>

4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우