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ㅇ 사건번호 : 조심 2024인0737, 2024.09.10.

ㅇ (사실관계)

   경기도 파주시 소재 쟁점농지는 1965.4.9. 청구종중의 종중원인 C 외 2인(지분 각 1/3) 명의로 소유권보존등기된 후, 1998.12.2. C 등의 사망으로 그 상속인들 앞으로 상속등기되었다가 ‘공유물 분할을 위한 경매’ 절차를 거쳐 2023.3.14. 및 2023.4.10. E에게 양도 및 소유권이 명의신탁된 종중원들에서 매수자(E)에게로 이전등기되었으며, 2023.6.22. 양도소득세 예정신고시 「조세특례제한법」 제69조에 따른 ‘자경농지에 대한 양도소득세 감면’을 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였으나 처분청은 청구종중이 자신의 책임 아래 쟁점농지를 직접 경작한 경우로 볼 수 없다 하여 감면 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 상황

ㅇ (청구인 주장)

  ① 1978.10.5.부터 현재까지 쟁점농지 소재지인 경기도 파주시에 거주하면서 농업에 전념하고 있는 청구종중의 종중원인 A가 쟁점농지를 8년 이상(2009년∼2019년) 경작한 사실이 농업소득직불금 내역, 농지대장, B OO지점장이 발급한 거래자별 매출상세내역서(A OOO파로 구매) 등에 의하여 확인되는 점, ② 청구종중과 A가 쟁점농지의 경작과 시제, 총회 준비 등의 비용을 매년 정산한 사실이 결산장부에 의하여 확인되는 점, ③ A가 쟁점농지를 대리경작하였다면 매년 일정금액을 임차료로 지급하였을 것이나 그러한 내역이 확인되지 않는 점, ④ 농업소득직불금은 경작자의 수입임에도 불구하고 쟁점농지 경작자인 A가 자신이 받은 직불금을 종중에게 전달한 점 등을 종합하면 쟁점농지는 청구종중의 책임과 계산 하에 경작한 것이다.

ㅇ (결정내용)

   이 건의 경우 청구종중이 쟁점농지를 제3자에게 위탁경작 등을 하였다고 볼 만한 임대차계약서 또는 임대료 수수내역이 확인되지 않는 점, 청구종중의 소유권이전등기 소송 관련 판결문상에서 종중원인 A가 쟁점농지를 경작하고 시제비용을 부담한 내역이 나타나고 청구종중의 장부에서 위답논갈이 및 원두막설치장비대 지출내역 등이 나타나는 것으로 보아 청구종중이 부담해야할 시제비용 및 쟁점농지 관련 비용을 쟁점농지의 운영 수입에서 정산한 것으로 볼 수 있는 점, 장부상 주요거래내역에서 쟁점농지 경작자인 A가 수령한 쌀소득등직불금이 청구종중에게 지급된 내역이 확인되는바, 이는 A가 쟁점농지 경작에 책임이 있는 청구종중에게 해당 직불금을 반환한 것으로 보이는 점, B 파주지점의 거래자별매출상세내역에서 매출거래처를 ‘A OOO파’로 하여 비료, 농약 등을 구매한 내역이 나타나는데, A가 매출거래처를 청구종중으로 기재하도록 요청한 것은 청구종중의 책임하에 비용이 지출되었음을 방증한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구종중의 책임과 계산 아래 종중원인 A가 쟁점농지를 경작한 것으로 보이므로 처분청이 청구종중에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이다.

ㅇ (본 결정의 시사점)

   본 결정사례는 종중의 경우에는 단체로서 자기의 노동력으로 경작할 수는 없으므로 종중의 책임과 계산 아래 종중원이 농지를 경작하는 경우에는 직접경작으로 보되, 영농비용 등에 대한 종중의 책임과 계산 없이 단순히 대리경작, 위탁경작을 한 경우에는 직접 경작에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다 할 것으로(조심 2016중3961, 2017.01.23. 참조) 그 입증책임은 이를 주장하는 자에게 있는 것이고, 입증정도는 본 사례에서 알 수 있듯이 명의가 종중원에게 명의신탁한 것인지, 경작종중원의 수입지출상황, 농작물의 판매대금이 종중의 시제비용 등으로 지출된 것인지, 쌀경작의 경우 농업소득직불금의 귀속자가 누구인지, 경작비용의 출처가 누구인지, 대리경작이 아니라는 증빙 등을 갖추어 입증할 필요가 있다는 점에 의미가 있다.