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ㅇ 사건번호 : 조심 2024서4504, 2025.1.8.

ㅇ (사실관계)

 처분청이 청구인이 2009.3.16.~2012.12.31. 기간 중 취득한 주택을 2018.4.1. 이전 양도하였으나 지정지역 내 소재하는 1세대3주택 이상에 해당하는 주택이라 하여 양도소득세를 중과세한 상황

ㅇ (청구인 주장)

 지정지역 내 소재하는 1세대3주택 이상에 해당하는 주택으로서 2009.3.16.~2012.12.31. 기간 중 취득한 주택을 2018.4.1. 이전 양도하는 경우 소득세법 부칙 제14조에 따라 일반세율을 적용하여야 한다.

ㅇ (결정내용)

  기획재정부는 조정대상지역 내 양도소득세 중과 규정 신설 당시 ‘다주택자가 조정대상지역 내 주택 양도 시 양도소득세를 중과하는 규정이 신설됨에 따라 지정지역 내 주택 양도에 따른 중과 규정을 삭제한다’고 개정 취지를 밝히고 있는 점, 다주택자에 대한 중과제도가 원칙적 적용에서 특례 규정 도입을 통한 예외 인정으로 변경되었다가 지정지역에 있는 경우에 한정한 예외적 적용을 거쳐 조정대상지역에 있는 경우에 한정한 예외적 적용으로 순차 변경된 과정을 고려하면 ‘지정지역 내 중과제도’는 조문의 위치만을 옮겨 ‘조정대상지역 내 중과제도’로 신설된 것으로 봄이 타당하므로 쟁점부칙조항의 적용 대상인 자산의 양도 시 적용되는 중과세율의 근거 조문이 다르다는 이유만으로 적용 세율을 달리 보는 것은 논리적으로 타당하지 아니한 것으로 보인다.

ㅇ 관련 법령

▣ 소득세법(2020.01.01. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

　 ⇒ 제55조제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

⇒ 양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

⇒ 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. <신설 2017.12.19>

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

▣ 부칙 <제9270호,2008.12.26. 신설>

제14조 (양도소득세의 세율 등에 관한 특례)

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. <개정 2010.12.27.>

1. 제104조 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호의2에 따른 세율)

2. 제104조 제1항 제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제104조 제1항 제1호의 개정규정에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)